局机关设办公室、造林绿化管理科、森林资源和野生动植物保护管理科、发展规划与资金管理科、人事科、产业发展科、商丘市人民政府护林防火指挥部办公室、监察室等8个内设科室和商丘市森林公安局、商丘市林业工作站、商丘市刘口木材检查站、商丘市古宋木材检查站、商丘市森林病虫害防治检疫站等5个直属单位。